Se encuentra ubicado en la zona central del Estado, en las coordenadas 18º54´ de latitud Norte y 97º00´ de longitud Oeste, a una altura de 1,000 metros sobre el nivel del mar. Limita al Norte con Chocamán y Tomatlán; al Noreste con Ixhuatlán del Café; al Este con Córdoba; al Oeste con Naranjal, Ixtaczoquitlán, Atzacan y la Perla. Su distancia aproxima al Sur de la capital del Estado, por carretera es de 170 Km.
Su clima es templado-húmedo-regular con una temperatura promedio de 18.8º C
Esta población debe su nombre a un antiguo fuerte que existió allí durante la época colonial.
Lo de las flores le viene de finales del siglo pasado, cuando uno de sus habitantes decidió dedicarse al cultivo y venta de flores, aspecto que hasta la fecha es distintivo de la población.
Fortín de las Flores está a 1000 metros de altitud.
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