San Jerónimo Tlacochahuaya fue establecido por el guerrero zapoteco Cochicahuala "el que pelea en la noche". Primeramente fue entregada como encomienda pero, posteriormente paso a mano de la Corona. El templo y convento fueron construidos a mediados del Siglo XVI por los Frailes Dominicos. Su protector, Fray Jordán de Santa Catalina, pensó en una casa de observación donde los dominicos pudieran guardar la ley para la santificación del alma.
A esto se debió su construcción sencilla, un tanto lóbrega con celdas bajas, estrechas, oscuras y apartada del camino real para alejarla de la tentación mundana (a imitación de los primeros anacoretas cristianos que prefirieron vivir en grutas y cuevas).
